Koszt wykonania opinii składa się z kilku czynników. Przede wszystkim sumowana jest ilość czasu poświęconego na przeprowadzone badania i wykonanie opinii. Brane pod uwagę przy ustalaniu stawek za godzinę pracy są także: nietypowość lub złożoność sprawy oraz kwalifikacje opiniujących biegłych. Kolejnym czynnikiem składającym się na cenę opinii są inne poniesione koszty przy jej wydaniu.
Stawki godzinowe standardowego zlecenia są zgodne z Rozporządzeniem Ministra Sprawiedliwości z dnia 24.04.2013 w sprawie określenia stawek wynagrodzenia biegłych, taryf zryczałtowanych oraz sposobu dokumentowania wydatków niezbędnych dla wydania opinii.
Zlecenia nietypowe lub zakwalifikowane po wstępnej analizie jako wymagające przeprowadzenia różnego rodzaju badań mogą być naliczane według stawek rynkowych o czym zleceniodawca zostanie poinformowany przed ich wykonaniem.
Poprzez kwalifikacje biegłych rozumie się posiadane przez nich tytuły naukowe oraz doświadczenie. W niektórych przypadkach biegli z tytułami naukowymi doktora, doktora habilitowanego lub profesora, a także inni eksperci jak np pracownicy naukowi różnych uczelni lub lekarze specjaliści mogą mieć ustalone inne stawki godzinowe niż wyszczególnione w w/w Rozporządzeniu - stawki te mogą być stawkami rynkowymi. Ustalanie stawek za pracę odbywa się każdorazowo przed rozpoczęciem opiniowania.
Użyte powyżej określenie „inne koszty” dotyczy wydatków m.in. na przesyłki kurierskie, ewentualne badania dostarczonych dowodów, materiały biurowe, a także przejazdy na miejsca oględzin lub badań. Jeżeli wydanie opinii wiązałoby się z koniecznością przeprowadzenia czynności poza granicami Polski dodatkowymi kosztami byłyby wszystkie wydatki związane z przejazdem (przelotem) osób i sprzętu potrzebnego do badań, koszty zakwaterowania i wyżywienia oraz inne niezbędne do wydania opinii. W takich sytuacjach po zapoznaniu z aktami sprawy sporządzany jest plan podróży i jej wstępny kosztorys, który jest przedstawiany do akceptacji zleceniodawcy.
Istnieje możliwość ustalenia przybliżonych kosztów wydania opinii na podstawie przekazanej informacji o obszerności akt sprawy, zakresie wydania opinii oraz ilości zaangażowanych do opiniowania biegłych i niezbędnym czasie na jej wydanie.